在线作图|在线做零模型分析(null model)

wuchangjian2021-11-05 08:47:37编程学习

零模型(Null model)

零模型(null model)是一种对装配过程进行定量比较的方法。例如,集合群落结构(EMS)方法的目的的要素来区分那些物种分拣过程组装随机组装社区,基于发生率 (Raup-Crick) 的 beta 多样性 (βRC ) 已被用于区分确定性和随机组装过程 。此外,基于系统发育相关性表明共享环境响应特征的假设,零模型方法已扩展到整合系统发育信息(Using null models to compare bacterial and microeukaryotic metacommunity assembly under shifting environmental conditions)。本网站零模型工具包括betaMNTD、betaNTI、Raup-Crick、Bray-curtis等指数计算并最终以箱线图的形式展示其可视化结果。
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应用举例

Figure 1. (B–D) Tree null model approaches were applied. (B) EMS identifes metacommunity properties emerging in site-by-OTUs incidence matrices. © Incidence-based (Raup-Crick) beta-diversity (βRC) tests stochasticity and determinism using a metric provided by Chase et al. (D) QPE quantifes assembly processes involving phylogeny and abundance-based (Raup-Crick) beta-diversity (βRCbray) following the framework of Stegen et al.(Using null models to compare bacterial and microeukaryotic metacommunity assembly under shifting environmental conditions)
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Figure.5 Asterisks denote significance between observed and null model predictions based on Welch t tests (*p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001)(Trait-based community assembly and succession of the infant gut microbiome).基于Bray-Curtis 相异性计算 OTU 的相异性组成的零模型用于预测婴儿随着时间推移其微生物组的组成趋势。
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TUTU云工具使用

小编和他的小伙伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图(www.cloudtutu.com,免费的哦~),操作步骤如下:
①登录网址:https://www.cloudtutu.com/#/index(推荐使用360或者谷歌浏览器)
②输入用户名和密码(小编已经为大家填好了,如果不显示可添加文末二维码添加小编获取),输入验证码后即可登录,不必注册,直接使用,不必担心隐私泄露,是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏(全部分析)里找到零模型分析,点击进入;
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作。

上传文件

※※※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传,最好传txt文本文件!
※※※请您务必按照示例数据的格式调整数据!上传文件中不可带有:中文、中文字符、空格、重复名称等!!!
1)准备两个数据文件(形式参照示例数据);
2)文件一:需带表头,每一列为样本名,每一行为某指标具体数值,例如OTU、ASV、基因ID等等,如otu丰度表;
文件二:需上传fasta格式的文件,如otu代表序列文件,需与文件一的otu丰度表相对应;
3)请提交txt(制表符分隔)文本文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中, 将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。
文件一:丰度文件
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文件二:otu代表序列fasta文件
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参数设置

2.1 ※※※请务必在页面右下方进行分组设置,本网站支持在线修改分组名称的功能。有在线输入(方式一)和手动粘贴(方式二)两种方式。(绘图前必须检查分组名称!!!)
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2.2 横/纵坐标字体大小、图例字体大小:按需自行调节

下载文件

点击运行后请耐心等待3-5分钟(若序列太多,运算时间可能需要10-15分钟),出图后可下载结果文件。平台提供的PDF格式的矢量图、PNG以及相关指数表格下载,其中表格文件也可用平台其他工具展现可视化结果。
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作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图,可通过矢量图处理软件进行编辑和调整(如:文字字体,文字大小,图片分辨率等)。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。

写作建议

XXXX was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website.
尊敬的用户,如果图图云平台在您的科研中有幸提供了些许帮助,我们期望您能在方法学或者致谢中提及我们,引用方法如下:XXXX analysis was performed on Tutools platform (http://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website. 目前平台还处于测试阶段,使用过程中有任何疑问或者报错欢迎随时联系小编反馈。您的反馈和建议是我们最大的动力~
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